Untuk merawat hardisk dengan software, cukup dengan tool-tool yang telah tersedia ketika menginstall sistem operasi. Tool tersebut meliputi scandisk, dan disk defragmenter. Selain tool tersebut juga terdapat tool yang digunakan untuk melakukan low-level format. Low level format digunakan untuk melakukan konfigurasi ulang pada hard disk meliputi pengaturan head, cylender, dan sector. Low level format merupakan format dari segi fisik. Untuk masing-masing merk hard disk memiliki program tersendiri untuk low level format. Untuk merk Seagete mengggunakan SGATFMT4, Quantum menggunkan zerrofill atau zdisk, maxtor dengan mud dan untuk western digital dengan wd_diag.Scandisk adalah tool yang digunakan untuk memeriksa struktur file sistem, tabel lokasi file (file allocation table), dan dapat untuk mengetahui ada tidaknya bad sector. Scandisk akan berjalan dengan otomatis setiap start jika komputer tidak dimatikan dengan benar atau terjadi kegagalan listrik.
Disk defragmenter adalah tool yang digunakan untuk mengatur struktur atau tata letak file sehingga akan mengurangi fragmentasi sebuah space hard disk. Disk defragmenter perlu dilakukan secara berkala hal ini akan meningkatkan performa sistem dan ruang hard disk.
Gambar di atas menerangkan bahwa file yang telah terfragmentasi menjadi 0% atau telah hilang dan susunan ruang kosong pada hard disk sudah tertata dengan rapi.
