Dalam penangana bahan baku pangan secara saniter, ada beberapa tahap tindakan yang harus dilakukan sebelum penanganan yang spesifik, hal-hal tersebut adalah sebagai berikut :
1. Diidentifikasi kontaminasi dan mikroba patogen yang mungkin terjadi pada bahan baku produk atau pangan olahan
2. Dilacak pola kontaminasi dan kerusakan selama pengolahan, penyimpanan dan umur simpan pada produk tertentu
3. Diidentifikasi faktor-faktor yang memungkinkan terjadinya kontaminasi
4. Hasil uji laboratorium yang digunakan untuk deteksi adanya kontaminasi dan faktor faktornya dianalisa dan diterapkan
Macam kontaminasi bahan baku pangan :
1. Kontaminasi biologis
2. Kontaminasi kimia
3. Kontaminasi fisik
a. Kontaminasi biologis
Bahaya biologis atau mikrobiologis terdiri dari parasit (protozoa dan cacing), virus, dan bakteri patogen yang dapat tumbuh dan berkembang di dalam bahan pangan, sehingga dapat menyebabkan infeksi dan keracunan pada manusia. Beberapa bakteri patogen juga dapat menghasilkan toksin (racun), sehingga jika toksin tersebut terkonsumsi oleh manusia dapat menyebabkan intoksikasi. Intoksikasi adalah kondisi dimana toksin sudah terbentuk di dalam makanan atau bahan pangan, sehingga merupakan keadaan yang lebih berbahaya. Sekalipun makanan atau bahan pangan sudah dipanaskan sebelum disantap, toksin yang sudah terbentuk masih tetap aktif dan bisa menyebabkan keracunan meski bakteri tersebut sudah didalammakanan.
b. Kontaminasi kimia.
Bahaya kimia pada umunya disebabkan oleh adanya bahan kimia yang dapat menimbulkan terjadinya intoksikasi. Bahan kimia penyebab keracunan diantaranya logam berat (timbal/Pb dan raksa/Hg). Cemaran-cemaran tersebut berasal dari cemaran industri, residu pestisida, hormon, dan antibiotika. Terbentuknya toksin akibat pertumbuhan dan perkembangan jamur atau kapang penghasil toksin juga termasuk dalam bahaya kimia. Beberapa jamur atau kapang penghasil toksin (mikotoksin) adalah Aspergillus sp., Penicllium sp., dan Fusarium sp., yang dapat menghasilkan aflatoksin, patulin, okratoksin, zearalenon, dan okratoksin.
c. Kontaminasi fisik
Bahaya fisik terdiri potongan kayu, batu, logam, rambut, dan kuku yang kemungkinan berasal dari bahan baku yang tercemar, peralatan yang telah aus, atau juga dari para pekerja pengolah makanan. Meskipun bahaya fisik tidak selalu menyebabkan terjadinya penyakit atau gangguan kesehatan, tetapi bahaya ini dapat sebagai pembawa atau carier bakteri-bakteri patogen dan tentunya dapat mengganggu nilai estetika makanan yang akan dikonsumsi.
